两种高通量测序平台应用于不同SARS-CoV-2变异株的对比研究

作者：李东晓; 李懿; **; 宋云; 马红霞; 王海峰; 叶莹; 黄学勇; 郭万申^*

来源：中国人兽共患病学报, 2022, 38(09): 771-777.

• 高通量测序
• Illumina
• Nanopore
• 覆盖度
• 变异位点

目的 利用Illumina MiSeq和Oxford Nanopore高通量测序平台对河南省新型冠状病毒肺炎(COVID-19)确诊病例的上呼吸道样本进行全基因组测序，为新型冠状病毒(SARS-CoV-2)全基因组监测工作提供参考。方法 收集河南省2021年6月至2022年1月共10份COVID-19确诊病例的上呼吸道样本，分别采用二代和三代测序技术进行测序，获得SARS-CoV-2全基因组序列，运用生物信息学软件CLC Genomics Workbench(CLC)进行序列比对分析。结果 与武汉参考株(Wuhan-Hu-1)相比，10份样本中3份属于Omicron(BA.1)变异株，核苷酸变异位点55个和61个；1份属于Alpha(B.1.1.7)变异株，核苷酸变异位点41个；6份属于Delta(B.1.617.2)变异株，核苷酸变异位点35个、42个和47个。二代测序识别碱基变异位点的准确率更高，6份样本的二代和三代测序变异位点100%同源，7份样本S基因编码区共享一致数目的变异位点。Ct值<33的样本，Illumina MiSeq平台和Oxford Nanopore平台均能获得较高的基因组覆盖度和测序深度。二代测序和三代测序覆盖度差异有统计学意义(t=-2.037,P<0.05);三代测序不同时间覆盖度差异无统计学意义(F=2.498,P>0.05)。结论 两种高通量测序平台均能满足SARS-CoV-2变异株的检测需求，Illumina MiSeq平台对SARS-CoV-2变异位点识别更精准；Oxford Nanopore平台可用于SARS-CoV-2的快速鉴定分型。

• 单位
  河南省疾病预防控制中心