基于ICU可疑感染患者探讨mNGS与传统病原学检测的相关性研究

作者：李群; 董晨明^*; 张芳; 鲍英存; 刘美; 马玉梅; 袁琪茜; 杨晓玲; 张官文

来源：中国病原生物学杂志, 2022, 17(05): 568-573.

DOI：10.13350/j.cjpb.220515

• 可疑感染
• 宏基因二代基因测序
• 传统病原学
• 重症监护病房(ICU)

目的 对可疑感染患者同时进行宏基因组二代测序(Metagenomics Next Generation Sequencing, mNGS)与传统病原学检测，对比检测结果并评估其异同点，为指导治疗和改善抗生素管理提供新的诊断证据和思路。方法 回顾性收集2018年7月至2020年8月兰州大学第二医院重症监护病房(ICU)内可疑感染患者电子病历系统信息、mNGS及传统病原学结果、药物、合并疾病、治疗效果等资料，根据检测方法分为mNGS组和传统病原组，由于传统培养可培养出细菌和真菌，传统病原组进一步根据是否行培养分为细菌组和非细菌组。根据结果评估mNGS与传统病原学结果的差异、病原体的一致性、mNGS结果报告后是否调整治疗以及其治疗效果。结果 剔除排除标准后共纳入90例可疑感染患者，符合可疑感染诊断标准的患者的7 d、28 d、院内死亡率分别为13.3%、14.4%和27.8%。患者感染部位最多见于肺部感染(87.8%),mNGS与传统病原组结果均显示细菌最多(43.3%、52.2%),其中，鲍曼不动杆菌(25.6%)、铜绿假单胞菌(10.0%)、肺炎克雷伯菌(6.7%)较为常见，其次为病毒(40%、12.2%),真菌(23.3%、17.8%),分枝杆菌(13.3%、21.1%),立克次体(3.3%、0.0%),寄生虫(2.2%、0.0%),支原体(1.1%、2.2%)。mNGS组与传统病原组(结合外送检查、影像学检查等)病原体阳性检出率均为70%,传统病原组中细菌组阳性率为51.1%。两组病原体一致率46.7%。mNGS组在检测细菌、真菌、分枝杆菌与传统病原组结果基本一致，而在检测病毒方面结果具有明显差异。进一步分析可见mNGS组在检测病毒方面比传统病原组具有优越性(Kappa检验，P<0.05)。预后分析发现，机械通气影响7 d、28 d以及院内死亡率，而且影响细菌组以及mNGS组培养结果。结论 本研究通过对比传统病原学检测结果，证实mNGS不仅具有一致性，在敏感性上更具有显著优势，mNGS在检测病毒方面比传统组具有优越性。预后分析发现机械通气是7 d、28 d以及院内死亡率，细菌组以及mNGS组培养结果的危险因素。

• 单位
  兰州大学第二医院