Alu家族在4种旧世界猴基因组中的特征

作者：张雪艳; 余浩洋; 孙天琳; 邱实; 蔡延森; 李静^*

来源：四川动物, 2019, 38(06): 638-645.

• 旧世界猴
• 转座子
• Alu家族
• 多态性Alu位点
• 物种特有的Alu位点

为了揭示转座子对旧世界猴基因组多样性和进化的影响,基于Repbase数据库和RepeatMasker比较了4种旧世界猴——东非狒狒Papio anubis、猕猴Macaca mulatta、绿猴Chlorocebus sabaeus和长鼻猴Nasalis larvatus基因组中转座子的特征,重点关注Alu家族的组成、插入/缺失多态性Alu位点和物种特有Alu插入。结果显示,4个基因组中短散在重复序列拷贝数最丰富,平均分歧率最小,其中灵长目Primates特有的Alu逆转座子的拷贝数超过了100万个(长鼻猴除外)。4个基因组中转座子的基本组成和分布与它们的进化关系相吻合,东非狒狒和猕猴的转座子特征相似,二者与绿猴、长鼻猴有较大差异。通过基因组的两两比较,鉴定了大量在4个基因组间具有插入/缺失多态性的Alu位点,以及7 882个各物种特有的Alu位点,95%以上的物种特有位点都属于AluY家族。研究结果揭示了Alu的转座活动对于旧世界猴动物基因组的进化及多样性具有重要影响。

• 单位
  四川省濒危野生动物保护生物学重点实验室; 生物资源与生态环境教育部重点实验室; 四川大学; 生命科学学院