基于重叠信息的基因组测序短片段定位算法

作者：卢志远; 谢建明; 孙啸

来源：东南大学学报(自然科学版), 2011, (01): 63-66.

• 短片段
• 唯一子串
• 唯一短片段
• 片段重叠信息 short reads
• unique k-tuple
• unique short reads
• overlap information

提出了一种新的测序短片段定位算法Umap,算法引入核心片段逐步扩展延伸的基本思想,通过短片段间的重叠信息定位短片段.首先找出所有在参考基因组上只出现一次的短片段,称为唯一短片段.然后以唯一短片段为基础,利用短片段间的重叠信息,使用贪婪算法对唯一短片段进行扩展,进而确定其他非唯一短片段的准确位置.实验表明,该算法对短片段的定位比现有短片段定位算法更加准确,能够定位的短片段数目更多,匹配的短片段比率达到71%.通过利用客观存在于短片段间的重叠信息,可以更加准确地在参考基因组上对短片段在参考基因组上进行定位,减少模糊匹配.

• 单位
  生物电子学国家重点实验室; 东南大学