基于GBS技术的土茯苓种质群体遗传结构分析

作者：胡真真; 史艳财; 熊忠臣; 韦霄; 肖文豪; 邓丽丽

来源：分子植物育种, 2023, 1-20.

• 土茯苓
• GBS
• SNP
• 群体遗传结构
• 遗传多样性

为阐明土茯苓（Smilax glabra Roxb）的遗传背景和亲缘关系，本研究采用基因组分型GBS （Genotyping-by-Sequencing）技术对采集于6个省份10个土茯苓群体的59份样本进行了群体遗传结构研究。结果显示：（1） 59份土茯苓样品获得的原始测序数据为61.274 Gb，有效数据为60.788 Gb。过滤后获得12 390个SNP位点，Q20≥97.81%，Q30≥92.69%，GC含量分布范围为40.63%～44.37%。（2）根据系统进化树、主成分和群体遗传结构分析的结果，将59份土茯苓样本分为3个类群；群Ⅰ与群Ⅱ、群Ⅲ亲缘关系较远，群Ⅱ与群Ⅲ亲缘关系较近。（3）群Ⅰ湖南益阳群体遗传多样性最高，其特有等位基因数量(PR) （1970）、多态位点(Pl) （21.026 81%）、观测杂合度(HO) （0.070 29）、期望杂合度(HE) （0.066 22）、核苷酸多样性（π） （0.077 31）、群体分化系数（0.136～0.179）在所测10个群体中最高。（4）遗传距离与地理距离相关性显著（R=0.387 8， P<0.05）。整体上野生土茯苓的种质资源的遗传结构明显。湖南益阳土茯苓群体遗传多样性最高、对环境变化的适应能力较强，可引种、选育的范围较广，可作为核心种质开发。本研究为土茯苓良种选育、种质保存提供参考。

• 单位
  广西壮族自治区中国科学院广西植物研究所; 广东至纯南药科技有限公司; 桂林理工大学