快速、准确鉴定出病原体是临床感染性疾病诊断和传染病预防控制的基础。高通量测序基因检测技术突破了传统检测手段的时效性、灵敏度等的局限,为病原体检测和研究提供了便捷、高效的途径。本综述以高通量测序技术发展过程为基础,回顾纳米孔三代测序技术,及其在病毒性传染病检测鉴定及研究中的应用,并对该技术的应用前景及可能存在的问题进行阐述,期望它能在病毒性传染病的防控方面发挥更大的作用。