武汉重症手足口病EV-A71分离株全基因组特征分析

作者：周井义; 史颖颖; 刘永娟^*

来源：中国病原生物学杂志, 2022, 17(08): 880-891.

DOI：10.13350/j.cjpb.220803

• 肠道病毒A71型
• 全基因组
• 系统进化
• 遗传距离
• 基因重组

目的 分析武汉重症肠道病毒A71型(Enterovirus A71,EV-A71)病毒株全基因组特征。方法 自湖北武汉2例手足口病Ⅱ期患儿咽拭子中分离EV-A71,利用overlap-PCR扩增EV-A71全基因组的6个首尾重叠的基因片段，利用生物信息学软件DNAStar5.0、MEGA-Ⅹ和SimPlot3.5.1分析基因组特征。结果 获得2株EV-A71分离株wh064和wh170的全基因组序列，二者核苷酸和氨基酸序列同源性分别为99.95%和99.86%。2株EV-A71病毒株属于C4a2亚型。系统进化分析和遗传距离计算发现，在P1区域，2株病毒株与C基因型EV-A71位于同一进化分支，遗传距离最小；在P2区域，2株病毒株与B基因型EV-A71和CVA16位于同一分支，与B基因型EV-A71之间遗传距离最小(C4亚型除外);在P3区域，2株病毒株与B3亚型EV-A71和CVA16位于同一分支，与B3亚型EV-A71和CVA16之间遗传距离较小。基因重组分析发现，2株分离株P1区域与C基因型EV-A71相似度最高，P2区域与B基因型EV-A71、CVA4、CVA5、CVA14和CVA16原型株的相似度高于C基因型EV-A71,P3区域与B3亚型EV-A71、CVA4、CVA14和CVA16原型株相似度高于其他病毒株，重组断点位于2A-2B连接处和3C处。此外，2株病毒株基因组中突变位点5’UTR-61T、VP1-27S(L)、VP1-98K和3D-396S亦存在于武汉其他重症和死亡病例EV-A71分离株。结论 武汉2株EV-A71是重组病毒株，可能由C基因型和B3亚型EV-A71病毒株重组而来，亦或由C基因型EV-A71和CVA4、CVA14、CVA16重组而来。某些位点突变可能影响EV-A71毒力。

• 单位
  中心实验室; 江汉大学; 连云港市第一人民医院