基于TCGA构建前列腺癌miRNA-mRNA调控网络

作者：郑盛锋; 高倩; 张明津; 贡益敏; 李周全; 甘翔; 付伟金^*

来源：广西医科大学学报, 2021, 38(05): 994-998.

DOI：10.16190/j.cnki.45-1211/r.2021.05.027

• 前列腺癌
• TCGA数据库
• miRNA
• 生物信息学

目的:应用生物信息学方法,分析前列腺癌(PCa)中微小RNA(miRNA)的表达谱,构建miRNA-mRNA调控模型,预测PCa的关键靶基因(Hub-mRNA)。方法:下载肿瘤基因图谱(TCGA)数据库中PCa的miRNA测序数据(miRNA-seq),使用R语言提取并分析差异表达miRNA(DE-miRNA)。预测miRNA的下游靶基因,进行GO功能注释以及KEGG信号通路富集分析。构建miRNA-mRNA调控网络鉴定关键靶基因,通过GEPIA分析Hub基因在PCa中的表达水平。结果:总共预测了20个上调和13个下调的DE-miRNA。其下游靶基因主要参与调控RNA转录、MAPK、AMPK、FoxO等信号传导通路,其中Hub基因IGF1、VEGFA和TNRC6A在PCa中的表达水平均显著下调(均P<0.05)。结论:通过构建miRNA-mRNA调控模型,有助于了解miRNA及其靶基因在PCa发生和发展中的分子调控机制,为进一步研究PCa的生物分子标志物及分子机制提供一个新的思路和参考方向。

• 单位
  广西医科大学第一附属医院; 桂林医学院