诺如病毒GII.4型济南JN010株基因组特征分析

作者：赵怀龙; 关恒云; 杨国樑; 赵红; 吕燕; 韩莹; 王春荣^*; 刘岚铮

来源：中华实验和临床病毒学杂志, 2019, (02).

• 诺如病毒
• GII.4型
• 基因组
• 系统进化分析

目的 分析诺如病毒(Novirus, NoV)GII.4型济南JN010株基因组序列及其特征。方法 根据文献并结合PrimerSelect软件设计7对引物,利用RT-PCR方法获得NoV济南JN010株全基因组序列,应用Lasergene7.1、MEGA5.2等软件对基因组序列进行遗传进化、同源比对分析,建立ORF1及ORF2基因系统进化树。并根据VP1氨基酸序列进行突变分析。结果 NoV JN010株基因组序列全长7 516 bp,为GII.Pe/GII.4基因型,属于GII.4 Sydney 2012变异株。突变位点主要发生在VP1的P2区,其中抗原表位A及与组织血型抗原(histo－blood group antigens,HBGAs)结合位点A处发生R297H突变,毗邻抗原表位A位点发生I293N和H373N突变。根据ORF1基因序列,JN010株与日本Osaka源病毒株(GenBank登录号LC066046)亲缘关系较近；根据ORF2基因序列,与广东中山源病毒株(GenBank登录号KY407064)亲缘关系较近。结论 NoV JN010株VP1在抗原表位A及与HBGAs结合位点发生突变,可能影响其抗原性及与HBGAs结合的特异性。

• 单位
  济南市疾病预防控制中心