团头鲂基因组微卫星特征及SSR位点开发

作者：张芹; 王延晖; 王冰柯; 屈长义

来源：江苏农业科学, 2022, 50(03): 79-85.

DOI：10.15889/j.issn.1002-1302.2022.03.012

• 团头鲂
• 基因组
• SSR
• 多态性
• 种质资源
• 遗传多样性
• 分子育种

为充分挖掘和利用团头鲂种质资源，有效开展品种间遗传多样性分析及分子育种工作，利用生物信息学方法分析团头鲂基因组数据，共检测序列18 243条，其中，含有SSR位点的序列为3 940条，占总检测序列条数的21.60%,检测出SSR位点共350 898个，平均约3.1 kb出现1个SSR位点。其中，二核苷酸重复的位点最多，占总SSR位点的67.43%;三核苷酸、四核苷酸、五核苷酸和六核苷酸重复分别占14.68%、14.83%、2.89%和0.16%。350 898个SSR位点中共有257种重复基序，二核苷酸、三核苷酸、四核苷酸、五核苷酸和六核苷酸重复基序类型占比最高的分别为AT/AT(29.46%)、AAT/ATT(8.56%)、AGAT/ATCT(4.57%)、AATAT/ATATT(0.97%)和AACCCT/AGGGTT(0.06%)。设计合成288对SSR荧光引物，有149对引物能够稳定扩增出与预期产物一致的条带，93对引物表现出多态性。综上所述，该研究发掘团头鲂基因组SSR位点，设计和合成SSR引物，验证其多态性，为团头鲂分子指纹图谱构建、种质资源的创新利用奠定了基础。

• 单位
  河南省水产科学研究院