为有效处理多目标调度决策中的复杂问题,提出了一种适用于系统方案优选的基于主观偏好和改进熵权的TOPSIS决策方法。该方法通过多属性决策中专家群体偏好的集结,得到了综合反映专家群体主观偏好的主观权重向量,并提出一种改进熵权法以准确提取客观决策信息,最后综合考虑各候选方案相对于理想方案的接近程度。实例分析表明,长江中游湖泊健康与水库蓄水之间呈现明显的竞争关系,两目标难以同时优化。研究成果可为改善长江中游流域生态环境提供参考。