食管鳞癌预后生物标志物的挖掘及其通路分析

作者：田琴琴; 李昂; 李佳莹; 谢俞宁; 仵红娇; 张雪梅^*

来源：实用医学杂志, 2022, 38(01): 73-78.

• TCGA数据库
• GEO数据库
• 食管鳞癌
• 差异表达基因
• 预后

目的分析食管鳞癌(ESCC)组织中的差异表达基因(DEGs)与预后的关系,并探索影响食管鳞癌发生的关键通路。方法 R语言limma程序对基因表达数据库(GEO)与癌症基因图谱(TCGA)数据库的食管鳞癌转录组数据进行差异表达基因进行分析。Cox回归模型筛选食管鳞癌独立预后基因。TIMER数据库进行独立预后基因与免疫浸润细胞之间的相关性分析。基因集富集分析(GSEA)和基因集变异分析(GSVA)预测差异基因的调控网络。结果分析三个GEO数据集(GSE17351、GSE20347和GSE100942)和TCGA的差异表达基因结果,得到55个共同差异表达基因(40个上调和15个下调基因)。对55个基因进行单因素Cox回归分析,发现TTK、CHEK1、FEN1、KIF14、NUP155、KIF23和CENPE与食管鳞癌患者总体生存时间相关。对7个预后相关基因进行多因素Cox回归分析,发现TTK可作为食管鳞癌的独立预后因素。GSEA和GSVA结果显示TTK可能通过调节细胞周期、DNA损伤修复等通路影响食管鳞癌的发生发展。结论 TTK高表达是一种预后不良因素,可能作为食管鳞癌的潜在预后标志物。

• 单位
  华北理工大学; 公共卫生学院; 生命科学学院