公共卫生紧急状态下的犯罪治理是社会治理机制中必须考虑的重要内容;而构建科学的对涉疫情犯罪的治理机制,不仅需要有合理的价值指引,还有理论基础和法律规范的现实支撑。涉疫情犯罪治理机制的理论基础,在于刑事司法要发挥特别时期下特别犯罪的治理机能;法律规范则要从刑事司法解释、刑事典型案例和刑事指导性案例三个层次进行构建;此外,还需坚守精细化的定罪量刑和标准化的司法程序。