太岁表层组织DNA提取前处理对细菌结构的影响

作者：王朝江; 李慧; 王世清; 高春燕; 李聪

来源：生物技术, 2019, 29(05): 463-469.

DOI：10.16519/j.cnki.1004-311x.2019.05.0077

• 太岁
• 表层组织
• DNA提取前处理
• 细菌菌群结构

[目的]比较不同DNA提取前处理方法对太岁表层组织细菌结构的影响。[方法]设水浸提(SO1)、浸提后热溶解(SO2)、直接热溶解(SO3)与微孔过滤结合的3种处理法,高通量测序。[结果]SO1、SO2、SO3的Shannon指数均接近4. 44,OTU数目均接近1 677个,共有OTU 807个,序列占比95. 65%。所含细菌在各分类水平上数目相近,各涉及约20个门、200多个属,优势类群集中在未分类属(unclassified)、假单胞菌属(Pseudomonas)、不动杆菌属(Acinetobacter)和Povalibacter 4个属,占比之和超过了60%。除未分类属外的三个属,均各有一种超高占比OTU支撑。假单菌属占比最高,各处理均为21%左右。[结论]3种前处理方法测得的细菌菌群结构,均表明太岁表层组织中细菌种类多,分布不平衡,假单胞菌属是占比21%的最优势属。

• 单位
  河北省农林科学院遗传生理研究所