M1型巨噬细胞参与炎症反应的生信分析

作者：张颖超; 米焱; 王彩丽^*

来源：包头医学院学报, 2022, 38(05): 50-54.

DOI：10.16833/j.cnki.jbmc.2022.05.013

• M1型巨噬细胞
• 炎症反应
• 生信分析

目的:利用生物信息学预测与M1型巨噬细胞参与炎症反应有关的关键基因，以及调控该基因的miRNA。方法:NCBI-GEO数据库筛选人源单核巨噬细胞表达谱，使用GEO2R筛选差异表达基因，通过WebGestalt数据库对上述基因进行GO和KEGG功能富集分析，STRING 11.0数据库构建蛋白质相互作用网络，并应用Cytoscape 3.7.2软件进行可视化分析，采用Cyto Hubba插件最终圈定HUB基因，利用mirWalk数据库和miRcode数据库预测靶向调控HUB基因的miRNA。结果:(1)GEO数据库共筛选出123个高表达差异基因，7个低表达基因；(2)经Cytoscape分析得到前20个最关键的枢纽基因，并圈定与炎症相关的基因STAT1;(3)mirWalk和mirCode数据库预测miRNAs并进行交集分析，得出STAT1受miR-23a靶向调控。结论:miR-23a靶向调控STAT1抑制M1型巨噬细胞参与的炎性反应。

• 单位
  内蒙古科技大学包头医学院第一附属医院