五指山小型猪PPARγ2基因启动子多态性分析

作者：潘金春; 闵凡贵; 王希龙^*

来源：中国比较医学杂志, 2018, 28(09): 21-26.

• 五指山小型猪
• PPARγ2
• 启动子
• 单核苷酸多态性
• 生物信息学

目的对五指山小型猪PPARγ2基因启动子调控区域多态性进行分析。方法根据猪PPARγ2启动子调控区域2200 bp设计5对引物,对57头封闭群五指山小型猪的多态性进行检测,并用多种生物信息学软件对调控区域的启动子、转录因子结合位点、RNA二级结构、Cp G岛进行预测分析。结果筛选到9个单核苷酸多态性(single nucleotide polymorphisms,SNPs)位点,分别是:-1595T/C、-1534G/A、-1262C/A、-1220C/A、-1017A/G、-963A/G、-955G/A、-866A/G、-333G/A。SNPs都没有处在软件识别的启动子区域中,但-333G/A突变位于核心启动子(-656-23 bp)区域。突变的SNP位点附近转录因子结合位点会发生改变,突变前后RNA二级结构最小自由能发生变化,其结构也发生显著变化。目标序列未找到Cp G岛。结论筛选到的五指山小型猪PPARγ2启动子调控区域SNPs可能对该基因的表达调控产生影响,为进一步研究其功能奠定基础。

• 单位
  广东省实验动物监测所