基于转录组测序的大熊猫多态性微卫星标记筛选

作者：涂洪梅; 周闯; 王冠楠; 成美玲; 岳碧松; 孟杨^*

来源：四川动物, 2020, 39(01): 15-22.

• 大熊猫
• 基因组
• 转录组
• 多态性
• 微卫星标记

结合已公布的大熊猫Ailuropoda melanoleuca基因组和本实验室所测6只大熊猫的转录组数据,筛选多态性微卫星位点并分析其组成及特征。结果显示:共获得326个多态性微卫星位点,其中二碱基多态性微卫星最多,共228个,占69.93%;三、四、五、六碱基所占比例分别为9.51%、14.11%、5.21%、1.22%。根据分析结果中缺失率与标准差2项指标以及位点序列长度,选取20个多态性二碱基微卫星位点,用于25只大熊猫个体血液DNA进行PCR验证并做后续分析。结果表明:不同位点的等位基因数为2～8,平均等位基因数为3.70,观测杂合度、期望杂合度分别为0～1.000、0.280～0.784,平均值分别为0.472和0.532。在Bonferroni校正后,证实4个位点显著偏离哈迪-温伯格平衡,所有位点未观察到显著连锁不平衡(P>0.01)。20个位点多态信息含量(PIC)在0.246～0.734,其中具有高度多态性的位点9个(PIC>0.50),11个位点呈中度多态性(0.25<PIC<0.50)。本研究筛选的微卫星位点有助于评估大熊猫的遗传多样性和种群结构,并制定有效的保护和管理策略。该方法也可为后续开发更多优良微卫星位点用于大熊猫种群遗传学研究提供资源。

• 单位
  生命科学学院; 生物资源与生态环境教育部重点实验室; 四川大学