基于分子对接技术从虾夷扇贝中筛选抗SARS-CoV-2活性肽研究

作者：步营; 何玮; 王飞; 朱文慧^*; 李学鹏; 仪淑敏; 徐永霞; 励建荣^*

来源：食品科学技术学报, 2020, 38(04): 54-62.

DOI：10.3969/j.issn.2095-6002.2020.04.007

• 分子模拟
• 模拟酶解
• SARS-CoV-2
• 虚拟筛选
• 分子对接
• 抗新型冠状病毒肽段

为从食品原料中筛选具有抗2019新型冠状病毒(SARS-CoV-2)能力的生物活性肽段,选用虾夷扇贝肌球蛋白为目标序列,利用计算机对虾夷扇贝肌球蛋白进行模拟酶解,对酶解所得的肽段进行毒性和生物活性预测。选取活性评分超过0.5且无毒性的肽段,以SARS-CoV-S/ACE2复合蛋白和COVID-19 Mpro水解酶为靶标进行分子对接,鉴定其病毒抗性。结果表明:肽段CSNAIPEL可以与SARS-CoV-S/ACE2复合蛋白上的GLN42和GLU329两个关键氨基酸结合,LibDock Score为136.03;肽段LPIY不仅能与SARS-CoV-S/ACE2复合蛋白上的ASP38和TYR491氨基酸结合,还能够与COVID-19 Mpro上的THR24、THR25和THR26氨基酸结合,LibDock Score分别为142.85和168.04;肽段QRPR与COVID-19 Mpro水解酶晶体上的THR24、THR25和THR26氨基酸结合,LibDock Score为154.93。研究表明,肽段CSNAIPEL、LPIY和QRPR三者表现出较好的抗SARSCoV-2能力。本研究旨在为抗新型冠状病毒功能食品的研发提供新的思路。

• 单位
  渤海大学; 大连工业大学