单细胞转录组数据批次效应评测的研究进展

作者：李小刚; 高正; 陈佳锋; 冯山入; 傅修涛; 丁振斌^*

来源：生物信息学, 2023, 21(03): 155-160.

• 单细胞测序
• 批次效应
• 评测
• 未来展望

单细胞转录组测序(Single cell RNA sequencing, ScRNA seq)是一种变革性的生物技术，以前所未有的高分辨率来解析组织复杂性，解决了普通转录组测序(Bulk RNA sequencing)无法回答的问题。但单细胞数据的高通量及复杂性给分析带来极大难度，批次效应(Batch effects, BEs)的处理便是主要挑战之一。批次效应是高通量生物数据分析中的技术性偏倚，其来源及处理具有高复杂性和研究依赖性。根据组织类型、测序技术及实验设计的不同，测序数据需采用不同的评估、分析、测量及处置流程来实现有效的批次效应处理。评测批次效应在单细胞数据分析中极易被忽略，但却有助于判断批次效应的来源、对数据变异的解释度、对数据分析结果的影响度及处理方法，是有效处理批次效应的基础。因此，本篇综述聚焦单细胞转录组数据的批次效应，分别论述批次效应的概念、与普通转录组批次效应的区别、评测方法及面临的挑战，并对未来发展做出展望。

• 单位
  复旦大学; 上海市徐汇区中心医院; 复旦大学附属中山医院