构建与细胞焦亡和坏死性凋亡相关预后模型预测肝癌预后

作者：赵晓田; 郝岩; 陈淑婷; 成颖; 沈永梅; 仇玉兰^*

来源：现代预防医学, 2022, 49(19): 3621-3626.

DOI：10.20043/j.cnki.MPM.202201377

• 肝癌
• 细胞焦亡
• 坏死性凋亡
• 预后

目的 构建与焦亡和坏死性凋亡相关用于预测肝癌预后的模型。方法 通过癌症基因组图谱(The Cancer Genome Atlas, TCGA)获得的肝癌和非肝癌样本RNA测序数据以及相应的临床信息。通过GeneCards数据库检索得到关于焦亡和坏死性凋亡相关基因，R包“limma”筛选差异基因，R包“ConsensusClusterPlus”对肝癌进行聚类分型。之后再筛选不同肝癌分型之间的差异基因。基于差异基因，利用LASSO Cox回归筛选基因来构建预后模型。根据中位风险评分将肝癌患者分成高低风险组，两组间进行主成分(Principal Component Analysis, PCA),t分布随机邻域嵌入(t-Distributed Stochastic Neighbor Embedding,t-SNE),总生存时间(Overall Survival, OS)和受试者工作特征曲线(Receiver Operating Characteristic, ROC)分析。结果 通过一致性聚类分析将肝癌患者分为C1,C2两种分型，分型的OS高于C2分型的OS且有统计学差异(P<0.001)。筛选两分型间有关焦亡和坏死性凋亡相关差异基因，构建预后模型将肝癌患者分为低、高风险组，两组间OS有显著差异(P<0.001)。对风险评分进行独立预后分析，结果表明风险评分可作为独立因素预测肝癌预后，风险评分越高，肝癌患者预后越差(单因素HR=4.846,95%CI:2.950～7.971;多因素HR=4.227,95%CI:2.499～7.149。结论 本研究确定了与焦亡和坏死性凋亡相关的，可以独立预测肝癌患者的预后模型，包含九个基因(CASP8、TREM2、SQSTM1、ADORA1、ADORA2B、PARP1、MKI67、GLMN和POP1)。

• 单位
  山西医科大学; 公共卫生学院