基于转录组测序的椰心叶甲啮小蜂SSR、SNP和InDel位点分析

作者：刘华伟; 李朝绪; 李芬; 吕朝军; 吴少英; 覃伟权^*

来源：热带作物学报, 2021, 42(10): 2828-2833.

DOI：10.3969/j.issn.1000-2561.2021.10.011

• 椰心叶甲啮小蜂
• 转录组
• SSR
• SNP
• InDel

椰心叶甲啮小蜂(Tetrastichus brontispae)是外来有害生物椰心叶甲(Brontispa longissima)的蛹期寄生蜂,分析其转录组序列中的SSR、SNP和InDel位点信息,可以为开发新的分子标记,深入研究其遗传多样性、种群遗传结构和历史动态等提供数据支撑。本研究基于转录组数据,利用MISA软件和Varscan软件对Unigene进行SSR、SNP和InDel位点进行搜索。在11 802条Unigene中共获得29 754个SSR位点,平均每1.72 kb含有1个SSR位点,发生率为39.96%。SSR片段为10～382 bp,长度具有显著差异,平均长度为23.91 bp。SSR片段中,单碱基重复最多(60.82%),其次是二碱基重复(27.69%),再次为三碱基重复(10.79%)。其中优势重复基元类型为A/T(59.32%),其次为AT/AT(15.28%)。在6895个Unigene中发掘出51 334个SNP位点,转换位点37 445个(72.94%),颠换位点13 975个(27.22%),平均每条Unigene上含有7.45个SNP位点。还在6040个Unigene中筛选出15 644个InDel位点,平均每条Unigene上有2.59个InDel位点。椰心叶甲啮小蜂转录组中SSR、SNP和InDel位点数量多,出现频率高,类型丰富,具有较高的多态性潜能。

• 单位
  海南省热带油料作物生物学重点实验室; 海南大学; 中国热带农业科学院椰子研究所