基于12个miRNAs表达信息学分析构建食管癌预后风险评分系统

作者：杜泽森; 罗何三^*; 李绪渊; 吴盛喜

来源：中华肿瘤防治杂志, 2019, 26(12): 842-848.

DOI：10.16073/j.cnki.cjcpt.2019.12.005

• 食管癌
• miRNAs
• 预后评分系统
• 生物信息学

目的研究表明,基于多个miRNAs表达模型可以预测肿瘤患者预后。本研究拟通过生物信息学分析构建基于miRNAs表达信号的食管癌预后评分系统。方法从TCGA数据库中下载食管癌miRNA测序数据,采用R语言limma包进行差异表达miRNAs分析,采用dplyr和survival语言包进行批量分析miRNAs与预后关系,根据预后有关联的miRNAs表达水平构建风险评分(risk score,RS)模型,并对其预测效果在GEO食管癌数据集中进行验证。Cox多因素分析探讨RS模型及其他影响食管癌患者预后因素,最后进行miRNAs靶基因预测,并对靶基因进行GO分析和KEGG信号通路分析。结果 98个miRNAs在食管癌与正常食管组织中存在差异表达,其中Has-mir-550a-2(χ2=6.837,P=0.009)、Has-mir-550a-1(χ2=9.778,P=0.002)、Has-mir-425(χ2=9.649,P=0.002)、Has-mir-421(χ2=7.534,P=0.006)、Has-mir-196a-1(χ2=6.843,P=0.009)、Has-mir-17(χ2=7.142,P=0.008)、Has-mir-1301(χ2=7.956,P=0.004)、Has-mir-378c(χ2=4.350,P=0.037)、Has-mir-3682(χ2=5.436,P=0.02)、Has-mir-345(χ2=6.499,P=0.01)、Has-mir-335(χ2=4.226,P=0.04)和Has-mir-196a-2(χ2=4.049,P=0.04)与食管癌患者预后有关联。根据12个miRNAs表达量构建预后RS模型,并将患者分为高风险组(n=92)和低风险组(n=92),低风险组患者预后优于高风险组,差异有统计学意义,χ2=13.902,P<0.001,该RS系统可以将GEO数据集食管癌患者分为高风险组(n=59)和低风险组(n=60),高风险组预后差于低风险组,差异有统计学意义,χ2=4.425,P=0.035。进一步多因素分析表明RS评分高(HR=2.823,95%CI:1.495～5.332,P=0.001)、T3/4分期(HR=0.605,95%CI:0.407～0.889,P=0.013)、N1～3(HR=1.527,95%CI:1.183～1.971,P=0.001)和TNM分期Ⅲ/Ⅳ(HR=2.074,95%CI:1.428～3.011,P<0.001)、肿瘤低分化G3(HR=0.654,95%CI:0.460～0.929,P=0.018)和病理类型鳞癌(HR=0.425,95%CI:0.182～0.992,P=0.048)是食管癌患者预后不良的独立预测因素。结论 12个miRNAs表达水平构建的RS系统可预测食管癌患者预后情况,是独立的预后因子,miRNAs功能和临床意义需进一步扩大样本验证。

• 单位
  汕头市中心医院