基于生物信息学构建阿尔茨海默病内源竞争RNA调控网络

作者：曲浩宁; 朱文韬; 何群^*

来源：中国医科大学学报, 2022, 51(02): 169-173.

• 阿尔茨海默病
• 内源竞争RNA
• 长链非编码RNA
• 生物信息学

目的探讨阿尔茨海默病(AD)中差异长链非编码RNA (lncRNA)与靶向微RNA (miRNA)、mRNA的相互作用关系及其导致AD的发病机制。方法在基因表达综合数据库(GEO)中下载数据,筛选出在AD早中晚期存在差异表达的lncRNA和mRNA,运用RegRNA预测lncRNA的靶向miRNA,TargetScan,TargetMiner,miRDB预测miRNA的靶向m RNA,DAVID对m RNA进行富集分析和京都基因与基因组百科全书(KEGG)通路分析,Cytoscape进行网络图构建,对差异表达的m RNA进行蛋白质相互作用(PPI)分析并运用Cytoscape找出关键基因。结果从数据集GSE28146中早中晚差异表达的侯选差异基因(p DEGs)中筛选出LINC02047、LINC01124、LINC00582和LINC02478,预测差异lnc RNA的下游靶miRNA有hsa-mir-132-3p、hsa-mir-1254、hsa-mir-3612、hsa-mir-4640-5p、hsa-mir-4690-3p和hsa-mir-4786-3p,然后预测靶miRNA的下游m RNA并构建AD的lncRNA-miRNA-m RNA调节网络。结论 LINC02047、LINC01124和LINC02478通过对miR-4060、miR-4090、miR-4786、miR-3612、miR-1254和miR-132的调控影响AD的发生发展。

• 单位
  中国医科大学; 生命科学学院