山东小毛驴全基因组选择信号检测

作者：陈建兴; 童家兴; 张孝忠; 张向阳; 王宇鑫; 孙玉江^*

来源：河南农业科学, 2021, 50(02): 145-150.

DOI：10.15933/j.cnki.1004-3268.2021.02.018

• 山东小毛驴
• 基因组重测序
• 选择信号
• 候选基因
• 遗传分化系数

为研究不同驴品种间的群体分化程度,检测全基因组选择信号,以挖掘山东小毛驴(SDL)重要性状相关的候选基因,基于山东小毛驴和德州驴的三粉类群(DZS)、德州驴的乌头类群(DZW)、广灵驴(GL)以及华北驴(NC)等5个驴群体共计60个个体全基因组重测序数据,利用群体遗传分化系数(Fst)和核苷酸多样性比值(πratio)方法检测山东小毛驴与其他驴群体间的选择信号,共找到39个落入选择信号区域的候选基因。与DZS群体相比,检测出强选择信号候选基因5个,分别是Fsip1、AHNAK2、CTAGE2、CYP3A12、LOC106830441;与DZW群体相比,检测出强选择信号候选基因5个,分别是NKG2DL1、KLK1E2、CTAGE2、FAM170A、LOC106823932;与GL群体相比,检测出强选择信号候选基因6个,分别是NKG2DL1、AHNAK2、CTAGE2、FAM170A、LOC106823932、LOC106848008;与NC群体相比,检测出强选择信号候选基因2个,分别是CTAGE2、FAM170A。这些候选基因主要在免疫、生殖、细胞作用等通路中发挥重要的作用,说明山东小毛驴在免疫力和生殖能力等性状上经历了人工选择。

• 单位
  赤峰学院; 东营职业学院; 动物科技学院; 青岛农业大学; 生命科学学院; 东阿阿胶股份有限公司