瓜类果斑病菌(Acidovorax citrulli)基因组信号肽预测分析

作者：王铁霖; 严婉荣; 闫莎莎; 杨玉文; 赵廷昌

来源：中国瓜菜, 2012, (01): 1-6.

DOI：10.16861/j.cnki.zggc.2012.01.002

• Acidovorax citrulli
• 信号肽
• 分析 Acidovorax citrulli
• Secreted signal peptide
• Analysis

利用Signal 3.0、LipoP和TargetP对瓜类果斑病菌Acidovor axavenae subsp.citrulli AAC00-1菌株基因组中4709个ORFs进行分析,对该病菌基因组中信号肽的数量、长度和氨基酸组成进行了预测,并对其进行分类。结果确定其中476个ORFs所编码的N-端有信号肽序列,占全部ORFs的10.10%。信号肽长度为14～48个氨基酸,以20～35个氨基酸居多,26个氨基酸的信号肽最多。组成信号肽的氨基酸中,非极性氨基酸占47.80%,极性氨基酸占23.04%,带负电荷的酸性氨基酸占15.87%,带正电荷的碱性氨基酸占8.73%。预测的476条信号肽中,...

• 单位
  中国农业科学院植物保护研究所; 植物病虫害生物学国家重点实验室