利用高通量测序检测新疆野苹果上的病毒

作者：米美璇; 张志想; 李世访; 战斌慧; 麦合木提江·米吉提^*

来源：植物保护, 2023, 49(06): 247-252.

DOI：10.16688/j.zwbh.2022494

• 新疆野苹果
• 高通量测序
• 苹果茎沟病毒

新疆野苹果Malus sieversii(Ledeb.) Roem.是苹果的祖先，也是重要的育种遗传资源，常用作砧木。近年来，新疆野苹果的分布面积骤减，对其的保护越来越重要。本研究采用高通量测序技术，对采自新疆伊犁天山野果林的26份样本进行病毒检测，检测到苹果褪绿叶斑病毒(apple chlorotic leaf spot virus, ACLSV)和苹果茎痘病毒(apple stem pitting virus, ASPV)。通过RT-PCR检测所有样品(127份),检测到ACLSV、ASPV和苹果茎沟病毒(apple stem grooving virus, ASGV),检出率分别为22%、19.7%和11%。结合RACE PCR技术扩增得到ASGV新疆野苹果分离物基因组全长序列，暂时命名为ASGV-XJ。去除3′末端poly(A)后的长度为6 506 bp,有两个彼此重叠的开放阅读框(open reading frame, ORF),ORF1(47-6 364 nt)编码一个241 kD的多聚蛋白，包含甲基转移酶(methyltransferase)、木瓜蛋白酶(papain-like-protease)、解旋酶(nucleotide triphosphate-binding helicase)、RNA依赖的RNA聚合酶(RNA-dependent RNA polymerase)和C端的外壳蛋白(coat protein, CP)等；ORF2(4 798-5 760 nt)编码一个36 kD的运动蛋白(movement protein, MP)。系统发育分析表明，分离物间没有表现出寄主专一性和地理分布规律。上述结果对新疆野苹果的保护工作有重要的参考意义。

• 单位
  新疆农业大学; 中国农业科学院植物保护研究所