NMYC未扩增神经母细胞瘤中影响预后的基因分析及预后模型的建立

作者：马英轩; 龚振华^*; 郑露露; 路丽; 吴一波

来源：中华小儿外科杂志, 2023, 44(07).

• 神经母细胞瘤
• 生物信息学
• 预后

目的比较在NMYC未扩增的且年龄大于1岁的神经母细胞瘤(neuroblastoma, NB)存活患儿与因NB死亡患儿所表达的mRNA差异, 并筛选具有预测NMYC未扩增且儿童肿瘤学组分组为高危组预后功能的基因, 分析其对预后的预测价值。方法通过GEO数据库基于GSE49710和GSE16237数据集筛选出大于1岁且NMYC未扩增的NB存活患儿与死亡患儿的对比基因集, 其中将|log2FC|>1, P<0.05的基因作为差异基因。使用R语言筛选得到差异表达基因(differentially expressed genes, DEGs), 采用基因本体论(gene ontology, GO)富集分析方法来分析DEGs的主要功能。从TCGA数据库获得NB患儿临床资料及基因数据, 筛选出NMYC未扩增且高危患儿(86例)并输入DEGs, 通过lasso分析预后相关基因并构建预后模型。根据风险评分的中位值将患儿分为基因模型预测高风险组(43例)和基因模型预测低风险组(43例), 绘制Kaplan-Meier生存曲线比较两组之间的差异, 两组间的Kaplan-Meier生存曲线差异采用log-rank检验和Cox单因素回归分析。绘制受试者操作特征曲线分析风险评分对NMYC未扩增且高危的预测价值。结果基因集GSE49710和GSE16237中共筛选出38个共同DEGs。DEGs主要富集在糖基化、糖蛋白、信号肽、拓扑域的细胞质及细胞外等;DEGs中基因ANKFN1和钙黏着蛋白9(cadherin 9, CDH9)与NMYC未扩增且危险度分组为高危组NB预后相关。预后模型的高、低风险组的风险比为0.5, 95%CI为0.29～0.89, P=0.0173;3年、5年生存曲线下面积分别为0.644和0.687。结论 ANKFN1和CDH9基因的mRNA可被作为预测NMYC未扩增且危险度分组为高危组NB预后的生物标志物, 有助于细化NB临床危险分层。

• 单位
  上海市儿童医院; 上海交通大学