基于微量RNA高通量测序技术的牦牛MII期卵母细胞转录组研究

作者：兰道亮; 熊显荣; 林宝山; 陈亚冰; 胡敏; 苏小珊; 李键

来源：畜牧兽医学报, 2014, 45(5): 722-732.

DOI：10.11843/j.issn.0366-6964.2014.05.007

• 牦牛
• 卵母细胞
• MII期
• 转录组
• 微量
• 高通量测序

旨在现有高通量测序的基础上,建立一种针对牦牛卵母细胞等微量样本的RNA高通量测序方法,为进一步研究牦牛卵母细胞的转录组学提供基础.以微量MII期牦牛卵母细胞RNA (10 ng)作为研究样本,应用SMART cDNA PCR扩增技术对样本进行富集并构建测序文库,再应用改进的RNA高通量测序技术对其进行高通量测序分析.经Illumina-Solexa深度测序后,得到了一个包含47 619 254条测序序列,4 Gb大小数据量的微量MII期牦牛卵母细胞测序文库.质量控制(Quality control,QC)及基本结果分析表明测序文库质量良好.基因组比对分析显示,共有15 626个牦牛基因被映射.此外,还获得了7 348个新的转录本.GO分类注释结果显示,共有13 795个比对上的基因参与了生物过程、细胞组分及分子功能3大主要类别.进一步富集分析显示,分别有333 134及113个GO类别在上述3大类中得到富集.KEGG通路分析结果显示,共有13 496个比对上的基因参与了258条通路,其中101条通路得到有效富集.本研究以牦牛卵母细胞为样本成功建立了一种起始RNA量可低至10 ng的微量转录组测序方法.该研究结果为进一步研究牦牛基因组提供了基础,同时也为研究牦牛MII期卵母细胞的分子机理提供了新的视角.

• 单位
  西南民族大学; 深圳华大生命科学研究院