基于RNA-Seq技术的葡萄不同花型新转录本预测和基因结构优化

作者：纪薇; 焦晓博; 罗尧幸; 赵伟; 郭雯岩; 刘榕晨; 赵旗峰; 马小河^*

来源：植物生理学报, 2019, 55(05): 617-628.

DOI：10.13592/j.cnki.ppj.2018.0498

• 葡萄
• RNA-Seq
• 新转录本预测
• 基因结构优化

由于葡萄(Vitis spp.)基因组注释的不完善,本文以3个生长时期3种性状葡萄花器官(雌能花、雄花和两性花)为材料提取总RNA进行高通量测序,开展了葡萄新转录本发掘和已注释基因结构优化工作。获得173.41Gb高质量的过滤后的数据(clean data),发掘出839个新转录本,其中697个新转录本得到了注释信息,同时对10 163个已注释基因的结构进行了优化。本研究旨在为后续葡萄基因组学、表型研究和其他生物基因组注释信息的完善提供参考。

• 单位
  山西农业大学; 山西省农业科学院果树研究所