基于叶绿体DNA序列和ISSR分子标记的菘蓝不同种质遗传变异分析

作者：朱田田; 杜弢; 晋玲^*; 王富胜; 康**; 徐丽; 张明惠; 林和

来源：中国实验方剂学杂志, 2022, 28(18): 117-126.

DOI：10.13422/j.cnki.syfjx.20221015

• 菘蓝
• 种质
• 叶绿体DNA(cp DNA)
• 简单重复序列(ISSR)分子标记
• 遗传变异

目的：对47个菘蓝种质进行序列变异和遗传多样性分析，开展其遗传分化和遗传结构研究。方法：采用试剂盒提取法提取菘蓝基因组DNA，用2条叶绿体DNA(cp DNA)序列和5条简单重复序列(ISSR)引物进行扩增并测序，通过软件Chromas、Mega 7.0、DanSP5、GenALEx对得到的序列进行校正、拼接及序列特征分析，利用软件PERMUT、PopGen1.31进行遗传多样性参数和遗传结构分析，最后利用NTSYS软件得到47个菘蓝种质的非加权组平均法(UPGMA)聚类树状图。结果：菘蓝47个种质的129个样本被成功扩增和测序，2个cp DNA序列经拼接后长度为1 412 bp，共有377个多态性变异位点，单倍型数为36个，Fu and Li’s D*检验在P<0.01水平上显著；基于cp DNA的核苷酸多样性(Pi)、平均遗传多样性(HS)和总遗传多样性(HT)分别为0.119 89、0.787和0.891，遗传分化系数遗传分化系数(Gst)、核苷酸分化系数(Nst)和群体间遗传分化指数(Fst)分别为0.117、0.468和0.488，基因流(Nm)值为0.615；基于ISSR的多态位点百分率(PPB)、香农(Shannon)信息多样性指数(I)、Nei’s基因遗传多样度指数(H)和Gst平均值为78.85%、0.334 8、0.218 6和0.754 4,Nm值为0.162 8。结论：菘蓝在物种水平上遗传多样性较高，具有丰富的单倍型类型，不同种质居群间遗传分化较明显，且基因交流不频繁，遗传变异主要存在于居群间，种群近期积累了较多的低频基因突变，推测其历史上曾经历了显著的区域扩张。

• 单位
  定西市农业科学研究院; 甘肃中医药大学; 兰州大学