宁乡猪皮下脂肪与肌内脂肪组织转录组差异分析

作者：王芳; 张跃博; 蒋谦; 印遇龙; 谭碧娥^*; 陈家顺^*

来源：遗传, 2023, 45(12): 1147-1157.

DOI：10.16288/j.yczz.23-131

• 宁乡猪
• 肌内脂肪
• 皮下脂肪
• RNA-seq
• 差异表达基因

为了比较分析宁乡猪皮下脂肪(subcutaneous fat,SAF)和肌内脂肪(intramuscular fat,IMF)组织脂肪沉积的分子机制，本文利用RNA-seq技术鉴定和分析宁乡猪SAF和IMF组织中差异基因表达谱。选取6头250日龄健康状况良好、种内个体体重相近(约85 kg)的雄性宁乡猪为实验材料，采集SAF与IMF组织样品。通过对两个脂肪组织转录组测序并进行GO(Gene Ontology)功能注释及KEGG(Kyoto Encyclopedia of Genes and Genomes)信号通路富集分析，得到与脂肪沉积和脂质代谢相关的差异基因。为验证测序数据结果的可靠性，本研究随机选取6个差异基因进行qRT-PCR验证。结果表明，宁乡猪SAF和IMF组织中有2406个基因差异表达，其中1422个基因表达上调，984个基因表达下调。通过GO功能注释分析发现，差异表达基因主要通过参与类固醇生物合成、不饱和脂肪酸的生物合成、甘油磷脂代谢及自噬途径等与脂质代谢相关途径，调控宁乡猪SAF和IMF的沉积。KEGG通路富集结果显示，差异基因主要富集在脂质结合、脂肪酸代谢过程、甘油酯代谢过程、脂类生物合成等与脂质代谢相关的生物学过程。qRT-PCR结果与测序结果一致，表明测序结果可靠。通过对宁乡猪SAF与IMF组织进行转录组测序以及生物信息学分析，筛选到TCAP、NR4A1、ACACA、LPL、ELOVL6、DGAT1、PRKAA1、ATG101、TP53INP2、FDFT1、ACOX1和SCD等基因与脂质代谢相关，这些基因可能在宁乡猪SAF与IMF组织中脂肪沉积和代谢过程发挥重要调控作用，对进一步研究宁乡猪脂肪沉积机制具有重要意义。

• 单位
  湖南农业大学