中国第一历史档案馆整理出一批土司地区包括刑事重案和土司犯罪的刑科题本,本文对其中69份刑科题本涉案基本情况统计分析的基础上,探讨土司地区司法制度国家化的表现,包括土官、流官案件主管范围的区分,级别管辖制度的适用,刑事重案和土司犯罪的法律适用以国家法为准。与此同时,结合刑科题本所涉案件分析清代如何通过司法手段对土司进行规范管理,包括设置土司的司法权限,以刑法为后盾规制土司的职务行为和与职位、身份相关的行为,对土司犯罪给予的特殊惩罚和宽宥。