CDH1基因和IRF6基因在亚洲人群中与非综合征型唇腭裂关联的再分析

作者：李梦颖; 王红^*

来源：中国优生与遗传杂志, 2021, 29(06): 774-780.

DOI：10.13404/j.cnki.cjbhh.20211004.001

• CDH1
• 遗传关联研究
• 基因间交互作用
• 唇裂
• 腭裂

目的探索CDH1基因常见变异、其与IRF6基因间交互作用对亚洲人群非综合征型唇裂伴或不伴腭裂(NSCL/P)患病风险的影响。方法对一项唇腭裂国际合作项目的全基因组关联研究的数据进行再分析,选择其中895个亚洲人群完整NSCL/P核心家系,通过基因型传递不平衡检验(TDT)、以基因为基础的关联分析(VEGAS)及单体型分析来探索CDH1常见变异与NSCL/P患病风险的关联,应用Cordell提出的条件Logistic回归模型分析CDH1与IRF6基因间交互作用与NSCL/P的关联。结果两个家系因患儿父亲的基因型缺失率大于5%被剔除,最终样本量为893个完整NSCL/P核心家系,CDH1的全部17个位点及IRF6的全部7个位点均通过了质量控制并纳入相应的分析。基因型TDT结果显示,CDH1基因的rs2902185和rs8061932在加性及显性模型下均与NSCL/P存在关联(P<0.05),rs12597188在加性模型下与NSCL/P存在关联(P<0.05),上述关联经Bonferroni多重检验校正后均无统计学意义(P>0.003),其余位点在加性、显性及隐性模型下均未发现其与NSCL/P相关。以基因为单位的VEGAS分析未发现CDH1基因与NSCL/P相关(P=0.073)。单体型分析得到20种碱基组合与NSCL/P关联达到名义统计学意义(P<0.05),Bonferroni校正后,这些关联均不具有统计学意义。基因间交互作用分析发现CDH1与IRF6的5对位点间交互作用具有名义统计学意义(P<0.05),也均未通过Bonferroni校正。结论对Illumina 610k芯片已测定单核苷酸多态性(SNPs)的分析,未发现CDH1基因常见变异与NSCL/P存在关联,也未发现影响NSCL/P患病风险的CDH1-IFR6基因间交互作用。

• 单位
  公共卫生学院; 北京大学