基因预测算法中阈值的傅里叶质谱分析

作者：刘平; 马玉韬; 孙学宏; 张成; 杜勇

来源：湖北农业科学, 2014, (06): 1432-1435.

DOI：10.14088/j.cnki.issn0439-8114.2014.06.006

• 蛋白质编码区预测
• 窄通带滤波器
• 归一化的功率谱密度值
• 信噪比
• 近似相关系数 protein coding regions prediction
• narrow pass-band filter
• normalized value of power spectrum density
• ratio of signal to noise
• approximate correlation

蛋白质编码区预测中阈值选择对预测结果的影响不容忽视。研究提出以归一化的功率谱密度作为判别DNA序列编码区和非编码区的阈值,以FIR(Finite impulse response,FIR)窄通带滤波器NPBF(Narrow pass band filter,NPBF)作为编码区预测算法核心,采用DNA序列集HMR195和ALLSEQ作为测试集,以碱基层的近似相关系数(Approximate correlation,AC)为预测准确率测度指标,对所提出方法与现有方法的预测结果做了比较。结果表明,采用新阈值得到的预测准确率最高,算法简单直观。

• 单位
  宁夏大学; 宁夏医科大学总医院