本发明公开了一种具有提高白藜芦醇功效活性的马鲛鱼蛋白水解物及其制备方法。该制备方法包括将马鲛鱼肉打浆、蛋白酶酶解、低温高速离心、离子交换色谱纯化、尺寸排阻色谱纯化及冷冻干燥等工艺,得到一种具有提高白藜芦醇功效活性的马鲛鱼蛋白水解物。该水解物多肽含量>70%(质量百分比),对白藜芦醇的活性提高程度>20%。本发明提供的制备工艺简单,整个工艺流程均可达食品级要求,可应用于药品、保健品和食品等领域当中。