欧洲红豆杉AP2/ERF转录因子基因序列分析

作者：杨艳芳; 刘洪伟; 邱德有

来源：氨基酸和生物资源, 2014, 36(04): 54-59.

DOI：10.14188/j.ajsh.2014.04.013

• 红豆杉
• AP2
• 转录因子
• 生物信息学
• 紫杉醇

以东北红豆杉AP2转录因子氨基酸序列为查询序列,搜索比对欧洲红豆杉基因组草图数据得到一个AP2转录因子全长序列,并命名为TbAP2。同时,利用生物信息学方法对TbAP2基因序列及其编码蛋白进行了特征分析和功能预测,发现该基因全长1 817bp,编码一个217个氨基酸的ORF;TbAP2相对分子量为23.68×103,等电点为4.92,亚细胞定位分析推测该转录因子定位在细胞核中,保守结构域分析发现其含有一个典型的AP2结构域,除与东北红豆杉具有99%的高一致性外,还分别与杨树、苜蓿和大豆的AP2蛋白具有81%、80%和78%的高一致性,进化树分析表明,相近科属植物的AP2转录因子归为一类,红豆杉AP2转录因子与玉米的AP2转录因子亲缘关系最近。本研究获得了TbAP2基因电子序列,为更好地利用分子生物学技术调控紫杉醇的生物合成提供理论基础。

• 单位
  中国林业科学研究院林业研究所; 林木遗传育种国家重点实验室