双胚苗水稻来源的单倍体、二倍体及其杂交F1的DNA甲基化位点分析

作者：吴绍华; 张红宇; 薛晶晶; 徐培洲; 吴先军

来源：作物学报, 2013, 39(01): 50-59.

• 双胚苗水稻
• 单倍体
• DNA甲基化
• MSAP
• miRNA

全基因组倍增或多倍化,伴随着基因丢失和二倍化进程,被认为是植物进化的重要推动力量。DNA甲基化与miRNA的表观遗传调控机制在植物生长发育及进化过程中起着重要的作用。本文采用MSAP(甲基化敏感扩增多态性)技术分析同一双胚苗水稻来源的单倍体、二倍体及其杂交F1的基因组DNA5'-CCGG位点胞嘧啶的甲基化及遗传特点。对部分甲基化位点进行切胶、回收、测序及功能注释,并结合miRNA靶基因预测探讨特定甲基化位点的遗传特点及其与miRNA的相关性。16对选择性扩增引物在双亲及杂交F1中共检测了462个DNA甲基化位点,杂交F1甲基化水平平均为43.20%,与双亲相近(单倍体为46.75%,二倍体为41.99%)。TargetFinder软件分析发现其中的7个甲基化位点基因序列上存在1～4个miRNA的结合位点,这些基因的功能注释包括逆转录转座子蛋白、ras相关蛋白、H2A/H2B/H3/H4核心组蛋白等。同时,探讨了逆转录转座子在植物进化中的作用。研究结果为进一步阐明水稻基因组倍增过程中DNA甲基化与miRNA的关系提供了参考。

• 单位
  中国热带农业科学院橡胶研究所; 四川农业大学