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摘要
目的 对比分析Surv-MDR、Cox-MDR、Cox UM-MDR和KM-MDR四种用于识别生存分析中SNP位点交互作用的算法，为寻找影响患者生存时间的交互SNP位点时算法的选择提供理论指导。方法 使用R 4.0.5完成四种算法以及模拟实验代码的编写，并使用ggplot2包绘制功效对比图；探索实际数据集上影响患者生存时间的交互SNP位点，并使用survminer包绘制相应的生存曲线。结果 在不同最小等位基因频率、遗传度下四种方法的效能不同。Cox-MDR受协变量影响最大；Surv-MDR和KM-MDR功效相近且整体表现最好，且KM-MDR具有更好的稳定性；CoxUM-MDR功效强于Cox-MDR但受删失比例影响最大；在真实数据集上，Cox UM-MDR和Surv-MDR识别出了同一个有意义的一阶交互项，Cox-MDR和KM-MDR未能识别出有意义的交互项。结论 当不存在协变量时，CoxUM-MDR、Surv-MDR和KM-MDR功效都明显高于Cox-MDR,不宜选用Cox-MDR;当存在协变量且删失比例不高时，Cox-MDR功效高于其他三种方法，宜选用Cox-MDR;但随着删失比例的增加，宜选用CoxUM-MDR或Surv-MDR。
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