建立了在线富集固相萃取-超高效液相色谱串联质谱法同时测定水中微囊藻毒素-LR和甲萘威的方法。经滤膜过滤后的水样在线固相萃取系统富集后,以甲酸-甲醇系统作为流动相进行梯度洗脱,进入超高效液相色谱串联质谱仪进行检测。两种物质的检出限为0.4 ng/L、0.7 ng/L,回收率和相对标准偏差分别是80.5%~98.9%和0.7%~7.2%。使用该方法可大大简化前处理过程,提高灵敏度及准确性,因此可用于大批量地表水中微囊藻毒素-LR和甲萘威的分析。