特应性皮炎外周血单个核细胞潜在生物标志物的筛选及初步验证

作者：唐汇洋; 江夏; 张道军; 陈邦涛; 钱添; 姚正秋; 杨希; 余傅冰; 宋婷婷; 郝飞^*

来源：中华医学杂志, 2023, 103(38): 3033-3040.

DOI：10.3760/cma.j.cn112137-20230128-00128

• 皮炎, 特应性
• 外周血单个核细胞
• 生物标志物
• RNA转录组测序

目的探索特应性皮炎(AD)与健康对照者外周血单个核细胞(PBMC)转录组差异, 筛选出AD潜在的生物标志物并进行初步验证。方法收集2021年1月至2022年5月在重庆医科大学附属第三医院皮肤整形美容中心9例AD患者及10名健康对照者的外周血, 提取PBMC后以RNA转录组测序(RNA-seq)技术进行转录组测序及相对表达量测定, 通过对差异表达基因(DEGs)进行基因本体论(GO)、京都基因与基因组百科全书(KEGG)及蛋白互作网络(PPI)分析筛选出生物标志物候选基因并进行实时荧光定量PCR(qRT-PCR)进行初步验证。结果病例组患者的年龄[M(Q1, Q3)]为26.50(22.75, 30.50)岁, 病程[M(Q1, Q3)]为15(10, 20)年。健康对照组的年龄[M(Q1, Q3)]为37.00(27.75, 40.25)岁。相对于健康对照者, AD组共检测出DEGs 1 044条, 其中上调基因668条, 下调基因376条, DEGs经差异可变剪切(AS)分析显示外显子选择性跳跃(46.74%)及外显子跳跃(31.01%)占比较大, GO富集分析显示DEGs主要与炎症反应相关, KEGG富集分析显示DEGs主要与细胞因子相互作用及信号通路相关。综合富集分析及PPI分析筛选出趋化因子C-C基序趋化因子配体4(CCL4)、C-C 基序趋化因子受体3(CCR3)、C-X-C 基序趋化因子受体 5(CXCR5)、核因子κB抑制因子-α(NFKBIA)、C-X-C基序趋化因子配体1(CXCL1)、白细胞介素1B(IL-1B)、C-C基序趋化因子配体20(CCL20)、淋巴细胞抗原96(LY96)作为AD生物标志物的候选基因, qRT-PCR验证显示上述细胞因子及细胞因子受体mRNA相对表达量与转录组测序结果趋势一致。结论 CCL4、CCR3、CXCR5、NFKBIA、CXCL1、IL-1B、CCL20、LY96可能为AD的潜在生物标志物, 参与AD的发生及发展。

• 单位
  重庆大学; 重庆医科大学