基于WGCNA鉴定山羊金黄色葡萄球菌型乳腺炎关键应答基因

作者：王丽敏; 靳丽娜; 刘亚芳; 闫晓茹; 郑惠玲^*

来源：家畜生态学报, 2022, 43(10): 71-77.

• 乳腺炎
• 金黄色葡萄球菌
• 应答基因
• 加权基因共表达网络分析

该研究旨在通过加权基因共表达网络分析(weighted gene co-expression network analysis, WGCNA)筛选金黄色葡萄球菌感染山羊乳腺的关键应答基因。从GEO数据库下载乳腺感染金黄色葡萄球菌24 h山羊乳汁中体细胞的转录组数据集GSE33894,通过WGCNA、基因本体(gene ontology, GO)富集分析、蛋白互作(protein-protein interaction, PPI)网络等方法，得到与山羊乳腺感染金黄色葡萄球菌24 h相关的2个目标模块及每个模块的30个枢纽基因，同时得到目标模块的PPI网络及每个网络的30个核心基因。最终取交集共得到4个山羊乳腺感染金黄色葡萄球菌24 h的关键应答基因(NFKB1、MRPL16、TMED10、ERLEC1)。研究结果为进一步揭示金黄色葡萄球菌型乳腺炎的发生发展分子机制提供了新的参考。

• 单位
  动物科技学院; 西北农林科技大学