轮状病毒感染患者外周血单个核细胞的转录组学分析

作者：李伯阳; 赵艳玲; 田玉玲; 李慧莹; 章青; 李丹地; 孙利伟; 庞立丽^*; 裴银辉^*; 段招军

来源：病毒学报, 2022, 38(01): 139-148.

DOI：10.13242/j.cnki.bingduxuebao.003963

• 轮状病毒(RV)
• 外周血单个核细胞(PBMC)
• RNA-Seq
• 差异表达基因(DEGs)
• 免疫反应

轮状病毒(Rotavirus,RV)是引起急性肠胃炎的主要病原体,分析RV感染患者的人外周血单个核细胞(Peripheral blood mononuclear cell,PBMC)中差异表达基因(Differentially expressed genes,DEGs)有利于探讨人PBMC在清除RV中的作用。为此,本研究采集2019年2月-2019年6月长春儿童医院中RV感染患者和健康儿童血液,分离PBMC,通过转录组测序(RNA sequencing,RNA-seq)技术比较RV感染患者与健康儿童之间的RNA表达图谱,借助基因本体论(Gene Ontology,GO)数据库功能富集分析、京都基因与基因组百科全书(Kyoto Encyclopedia of Genes and Genomes,KEGG)、Reactome通路富集分析DEGs,使用实时荧光定量PCR(Real-time quantitative PCR,qPCR)技术进行验证。结果显示,与健康对照组相比,RV感染轻症患者PBMC中有1 619个DEGs;重症患者PBMC中有2 816个DEGs,主要与干扰素(Interferon,IFN)反应、中性粒细胞、溶酶体、核小体、染色质等相关。qPCR验证轻症患者干扰素刺激基因(IFN-stimulated genes,ISGs)15表达上调,白介素(Interleukin,IL)1β表达下调;重症患者IL15、ISG15表达上调,IL1β表达下调,与转录组结果相一致。本研究提示,RV感染可能激活人I型和II型IFNs反应抵御病毒感染,但也会抑制溶酶体相关基因,对细胞自噬过程产生影响。

• 单位
  基础医学院; 中国疾病预防控制中心病毒病预防控制所; 华北理工大学; 长春市儿童医院