人IDE基因启动子生物信息学分析

作者：鲍思元^*; 金科华; 陈红霞; 陈娇娥; 胡旺平

来源：华中师范大学学报(自然科学版), 2018, 52(04): 525-531.

DOI：10.19603/j.cnki.1000-1190.2018.04.015

• 生物信息学分析
• IDE基因
• 5’调控区
• 转录因子
• 启动子

对人IDE基因启动子进行生物信息学分析以获得人IDE基因启动子、CpG岛及转录因子结合位点特征.从UCSC基因组数据库成功获得人IDE基因5’调控区2 000bp序列.Promoter2.0、FPROM、NNPP预测人IDE基因分别有3个、2个、6个启动子.Relative profile score threshold选择80%、85%、90%、95%、100%时,JASPAR预测该序列存在5170、1771、454、87和5个可能的转录因子结合位点.Relative profile score threshold选择80%,搜索到6个潜在的TCF7L2转录因子结合位点.采用进化足迹法,LAGAN预测方法获得位于人和小鼠同源IDE基因启动子保守区域相同位置的转录因子结合位点为14个,包含转录因子SPI-1、cap、c-FOS、FREAC-3、c-ETS、Cdxa、HSF2等.发现一个CpG岛,位于1 3031 705bp之间,大小为403bp.人IDE基因启动子、CpG岛及转录因子结合位点的生物学信息学分析,为下一步基因表达调控实验奠定了基础.

• 单位
  基础医学院; 湖北科技学院