通过生物信息学分析克罗恩病差异表达基因和miRNA

作者：陈世锔; 张大涯; 张发明; 陈润祥; 张晓冬; 白飞虎^*

来源：现代消化及介入诊疗, 2022, 27(12): 1537-1543.

DOI：10.3969/j.issn.1672-2159.2022.12.010

• 克罗恩病
• GEO数据库
• 生物信息学分析
• hub基因
• miRNA

目的 通过生物信息学分析寻找克罗恩病(Crohn′s disease, CD)的差异表达基因及其对应的miRNA,筛选参与CD发展相关的潜在致病靶点，为寻找治疗新靶点提供参考依据。方法 从GEO数据库下载基因芯片，通过分析工具GEO2R分别对数据集进行分组及分析差异表达基因(differentially expressed genes, DEGs),并做线上Venn分析，进行PPI、GO、KEGG分析及miRNA预测。结果 基因本体分析结果显示，DEGs主要集中在炎症反应、中性粒细胞迁移、脂多糖应答、质外体、细胞外空间、细胞外基质、CXCR趋化因子受体结合、趋化因子活性、细胞外基质结构成分等方面，通路分析显示，DEGs基因显著富集在IL-17信号通路、类风湿性关节炎通路、阿米巴病、百日咳、肿瘤坏死因子信号通路等方面。通过Cytoscape筛选出10个hub基因CXCL1、IL1B、TIMP1、CXCL8、IL6、MMP1、SERPINE1、PTGS2、SPP1、MMP2。再利用NetworkAnalyst3.0在线数据库进行可视化分析，可推断hsa-mir-124-3p、hsa-mir-335-5p、hsa-mir-146a-5p、hsa-mir-204-5p、hsa-mir-143-3p等几种microRNA(miRNA)可能在CD的发生发展中起到关键性作用。结论 在CD发病机制研究中，DEGs与疾病的进展密切相关，可通过富集分析和hub基因筛选，以及相关miRNA的推断分析为更深入研究CD的致病机制和寻找新的治疗靶点提供理论依据。

• 单位
  海南医学院第二附属医院; 南京医科大学第二附属医院; 海南医学院