苦荞全基因组SSR位点鉴定及分子标记开发

作者：蔡齐宗; 王佳蕊; 陈庆富^*; 李洪有^*

来源：河南农业大学学报, 2022, 56(03): 392-400.

DOI：10.16445/j.cnki.1000-2340.20220506.001

• 苦荞
• 基因组
• SSR标记
• 多态性

【目的】系统鉴定苦荞基因组中的SSR位点并开发SSR分子标记，为SSR分子标记在苦荞中的应用奠定基础。【方法】利用MISA1.0软件对苦荞“品苦1号”全基因组序列中的SSR位点进行搜索，同时利用Primer 3.0批量设计引物，并随机选择50对引物进行多态性验证。【结果】共鉴定到148 830个SSR位点，他们分布在苦荞所有8条染色体上，平均每隔3.04 kb就有1个SSR位点。SSR有6种类型，即单核苷酸重复至六核苷酸重复，其中单核苷酸重复(82 047个)、二核苷酸重复(52 039个)和三核苷酸重复(11 699个)最多，占SSR总数的97.95%。全基因组共鉴定出171种碱基重复类型，其中A/T(53.143%)和AT/AT(30.038%)是最丰富的重复类型。共设计出128 706对SSR引物，随机选择合成50对引物对10份苦荞种质进行多态性检测，共有15对引物在苦荞种质中产生了较好的多态性，并可将10份苦荞种质分为4个类群。【结论】苦荞基因组含有丰富的SSR位点，其中单核苷酸重复和二核苷酸重复类型最为丰富，SSR位点平均距离为3.04 kb;开发的SSR分子标记具有良好的多态性。

• 单位
  贵州师范大学; 贵州大学