应用PCR-DGGE技术分析长江口低氧区的细菌群落组成

作者：刘敏; 王子峰; 朱开玲; 李洪波; 高绪敏; 邓兵; 肖天

来源：高技术通讯, 2008, 18(06): 650-656.

• 细菌群落组成
• 16S rDNA序列分析
• PCR-DGG
• 长江口低氧区

应用 PCR 结合变性梯度凝胶电泳(PCR-DGGE)技术对长江口外低氧区的细菌群落组成和优势菌群进行了分析。对25条 DGGE 条带进行了克隆、测序,所得到的细菌16SrDNA 基因 V3区序列进行了系统进化分析。结果显示这25条条带分别归属于4个细菌类群:变形菌门(Proteobacteria)、拟杆菌门(Bacteroides)、厚壁菌门(Firmicutes)和蓝细菌门(Cyanobacteria)。其中有16条分别与变形细菌亚群的γ-Proteobacteria 和δ-Proteobacteria 相似。时空分析发现,低氧水体的细菌群落组成与非低氧水体的组成不同,低氧水体包括变形菌门(Proteobacteria)、拟杆菌门(Bacteroides)、厚壁菌门(Firmicutes)和蓝细菌门(Cyanobac-teria),非低氧水体中没有发现蓝细菌门(Cyanobacteria)。并且8月份低氧水体中 Flavobac-teria 为优势菌群。

• 单位
  国家海洋环境监测中心; 中国科学院海洋研究所; 华东师范大学; 中国科学院研究生院; 河口海岸学国家重点实验室