多样性结构适体结合链霉素的分子动力学模拟

作者：张云礼; 向阳可佳; 广毅; 俞志刚^*

来源：分析试验室, 2023, 1-9.

• 分子动力学模拟
• 适体
• 链霉素
• 结合模式

采用分子动力学模拟方法研究了多样性结构适体与靶标链霉素（STR）分子的结合模式。通过Mfold网络平台预测适体多样性二级结构并基于RNAComposer创建3D结构，运用Autodock进行分子对接并利用Gromacs软件模拟优势对接构象结合作用的动力学变化过程。结果显示，4个多样性结构适体（Apt-1，Apt-2，Apt-3和Apt-4）结合体系显示为总体相似的个性差异，主要包括氢键、π-甲基疏水和静电3种作用力类型，其中以静电为主，结合特征推断为通过静电吸引诱导的契合作用模式，对应结合自由能分别为-2457，-2600，-2376，-2524和-2176 kJ/mol。研究从分子层面明晰了适体与靶标链霉素分子的结合特性，其有效结论可为适体传感器的目标性设计与构建及药物载运与释放等相关领域应用提供参考。

• 单位
  哈尔滨理工大学; 化学化工学院; 长江师范学院