面向疾病分类的人类互作网络拓扑模块的功能同质性分析

作者：高盼盼; 王宁; 周雪忠; 刘光明; 王惠欣

来源：计算机应用, 2016, 36(08): 2144-2169.

• 网络医学
• 疾病分类
• GO富集分析
• 蛋白功能模块
• 拓扑模块
• Mesh
• String9

鉴于网络医学中尚未有对疾病分类与功能蛋白模块功能同质性分析之间关系的研究,展开以下研究工作:首先,利用Mesh、String9等数据库中的数据构建了基因关系网络;其次,采用基于优化模块度的模块划分方法(如BGLL、非负矩阵分解(NMF)等聚类算法)对基因关系网络进行了划分;再次,对划分出来的模块进行了GO富集分析,通过对高致病拓扑模块和低致病拓扑模块的GO富集分析的比较,发现了疾病分类和蛋白模块功能特性在生物过程、细胞组分、分子功能等方面存在重要的生物学提示;最后,分析了疾病分类的拓扑模块的功能特性,通过对网络拓扑性质如平均度、密度、平均最短路径长度等方面的分析得到了各模块的功能特点数据,进一步揭示了疾病分类和功能模块之间的相关关系。

• 单位
  北京交通大学