柳叶马鞭草全基因组核型及survey分析

作者：张涛; 张芬; 王思思; 刘庆林; 袁丹丹; 曾晓芳; 李建容; 李岩^*

来源：分子植物育种, 2023, 1-16.

• 柳叶马鞭草
• 核型分析
• survey分析

柳叶马鞭草(Verbena bonariensis)是重要的景观植物，随着生态建设和旅游业发展，被广泛应用。为了加快柳叶马鞭草功能基因发掘和分子育种进程，本研究以荧光原位杂交法，进行核型分析，结果显示柳叶马鞭草基因组具有28条染色体，长度1.0～2.0 μm，主要为近中部或近端部着丝粒染色体，核型公式为2n=4X=28。进一步利用novaseq6000测序平台对柳叶马鞭草进行survey分析，获得大约34.33 Gbp的数据(登录号：PRJNA957908)。通过K-mer17分析预估修正后的柳叶马鞭草基因组大小为4X=1610.28 M，GC含量约为37.23%，杂合率大约为1.56%，重复序列比例约为53.95%。通过K-mer41进行组装，得到的contig N50大约为450 bp，总长约为0.33 G，scaffold N50大约为567 bp，总长约为0.35 G。研究结果为构建柳叶马鞭草全基因组精细图谱的绘制和高质量基因组的测序和组装提供了理论基础。

• 单位
  贵州大学; 生命科学学院; 四川农业大学