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摘要
目的从转录组学层面研究肝内胆管癌(ICC)发生异常的生物学通路并发现与ICC预后相关的基因。方法通过t检验和倍数变化法筛选差异表达基因并对相关基因进行KEGG功能富集分析;利用STRING数据库构建蛋白质互作网络,通过计算每个节点的度、介数和接近中心性来寻找网络的Hub节点;采用log-rank检验进行Kaplan-Meier生存分析,识别ICC预后相关基因。结果在3个数据集中重复的ICC相关的差异表达基因共1 134个,主要参与15条通路,包括参与DNA复制、细胞周期、药物代谢、RNA转运等信号通路和氨基酸合成等生物学过程。通过蛋白质互作网络分析发现TAF1、GRB2、E2F4、HNF4A、MYC和TP53基因是Hub节点。因GRB2和TP53既是蛋白质互作网络的Hub节点也是ICC死亡相关基因,因此分析其高低表达发现,GRB2基因低表达者较其高表达者总生存情况更好(P=0.040 9),而TP53是低表达者较其高表达者总生存情况更差(P=0.027 3),且在TCGA数据库中也得到验证。结论 ICC的发生与细胞代谢异常息息相关,且TAF1、GRB2、E2F4、HNF4A、MYC和TP53这些差异表达基因是ICC发生发展的重要基因,尤其是GRB2和TP53基因的表达与ICC预后有关。
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